Fukuyama tezinin ilk versiyonu Romanya Devrimi'nin ve Berlin Duvarı'nın yıkılmasının oluşturduğu romantik ve iyimser bir ortamda yazmış ve serbest piyasa mekanizmasına dayalı Batı liberal demokrasisinin mutlak zaferini ilan etmişti. Bu teoriye göre, insanoğlunun tarih boyu süren arayışı liberal demokrasisinin getirdiği değerlerle nihai mükemlliğe ulaşmıştı. Ona göre artık bütün alternatif değer sistemleri ve medeniyet yapıları tarihin bu son evresinde batı medeniyetinin üstün değerlerine boyun eğmek zorunda idi. Bu yaklaşım yeni dünya düzeni fikrinin entelektüel zeminini oluşturdu. ABD dış politika yapılaşması bu romantizm ve entelektüel zemin içerisinde sadece kendi kamuoyunu değil bütün bir dünya komuoyunu Körfez savaşına yönlendirme ve yeni dünya düzenine şartlandırma imkanı buldu. Bu atmosfer Bosna krizine kadar devam etti. Bosna’da Batılı ülkelerin gözetim ve denetiminde gerçekleştirelen soykırım hem batı medeniyetlerinin yaşadığı değer krizini hem de uluslararası sistemin çarpıklıklarını bütün açıklığıyla ortaya koydu. Böyle bir gelişme Fukuyama’nın ortaya koyduğu çerçeveyi geçersiz kılıyordu. Bu dengesizlik ve çarpıklıkların örtbas edilmesi için yeni çerçeveler ve bu teorik çerçevelerin öngördüğü yeni suçlular ve düşmanlar gerekiyordu. Huntington bu misyonu üstlendi ve Medeniyetler Çatışması’nı yazdı. Ona göre; gelecekteki politik çatışma alanları medeniyet çatlaklarının olduğu bölgelerde olacaktı. Fukuyama’nın aksine Huntington tarihin sonunu işaret eden evrensel bir değerler sisteminden ve uluslar arası bir düzenden bahsetmez. Aksine ortaya çıkan bir düzensizliğin tahlilini yapmaya ve bu düzensizliğe yol açan çatışma alanlarının ortak zeminini yakalamaya çalışır. Fukuyama Batı medeniyet değerlerinin evrenselleşme sürecinin varlığını ileri sürerken, Huntington, yerel medeniyetleri harekete geçiren alternatif süreçlerin belirleyiciliğini ortaya koymaya çalışır.
Fukuyama tezinin teorik temellerini büyük ölçüde Hegel’e dayandırırken, Huntington’da tarih içindeki medeniyet çatışmalarını incelerken medeniyetler arası kaynaşma, müsamaha ve sentez alanlarını yok farzederek aynı seçiciliği sergiler. Huntington’un bu tercihi batı medeniyetinin felsefi-entelektüel birkimini sosyal kültür ve uluslar arası sistem üzerindeki belirleyici vasfını gözardı eder. Dolayısıyla da günümüzde ortaya çıkan bunalımların ve çatışmaların kaynağını tekelci batı medeniyeti tarafından hayat alanları gittikçe sınırlandırılmış yerel medeniyetlere ve otantik kültürlere yüklemektedir. Böylece gelecekteki bunalımların suçluları da şimdiden ilan edilmiş olur. Böylece Fukuyama ve Huntington farklı duruşlara sahip olmakla birlikte ortak bir noktada birleşirler. Fukuyama’nın teziyle batı medeniyetinin felsefi ve sistemik unsurları yüceltilirken, Huntington’un tezi ile başta İslam ve onu takiben Konfüçyanizm olmak üzere diğer bütün kültür ve medeniyetler çıkan siyasi huzursuzluk ve bunalımların kaynağı ve sorumlusu olarak sunulur ( Davutoğlu, 1997: 245). Fukuyama ve Huntington batı medeniyetinin hegemonyasını sürdürmek için devreye soktukları iki ayrı yüzü temsil ederler. Bunun içindir ki şu anda birlikte John Hopkins üniversitesinin çıkarmakta olduğu Journal of Democracy adlı derginin editörlüğünü üstlenmeleri hiç de şaşırtıcı değildir
