İstanbul'un farklı bölgelerinde bulunan 81 müze belirli bir rota içinde anlatılmaya çalışılmıştır. İstanbul Müzeleri; Avrupa Yakası, Asya Yakası ve Adalar üst başlığı altında 'Tarihi Yarımada - Suriçi, Surdışı, Haliç, Beyoğlu-Taksim-Şişli, Boğaziçi, Yıldız-Maslak ve Anadolu Yakası' olmak üzere yakınlıkları, ulaşımları göz önünde bulundurularak 7 bölüm halinde sıralanmıştır; bölüm sonlarında, 'Yakın Çevre, Gezin/Görün' başlığıyla müzeler dışında o bölgelerde gezilecek yerler/etkinlikler önerilmiştir. Ayrıca müzelere nasıl ulaşılacağı, adresleri, telefonları, açık/kapalı saatleri günleri, müze içinde dinlenme ve alışveriş (kitap, hediyelik eşya) yerleri, sembol ve bilgilerle desteklenmiştir.
Kitabın son bölümünde ise İstanbul'un yakın çevresi İznik, Yalova, Bursa, Erdek/Bandırma, Marmara Adası, Çanakkale, Enez, Tekirdağ, Edirne, Kırklareli, Vize'de bulunan müzeler ve çevresiyle ilgili bilgiler sunulmuştur.
İstanbul Müzeleri, güncel bilgi ve fotoğraflarla İstanbul ve yakın çevresinin tarihi kültürel mirası ile yüzleşmek, tanışmak isteyen gezginlerin başucu rehberi olması düşünülerek hazırlanmıştır.