Romanın kahramanı yedi sekiz yaşlarında Isık-Göl kıyısında dedesi, ninesi, teyzesi ve onun kocasıyla birlikte yaşayan bir çocuktur. Babası ve annesi tarafından terk edilen torununa sahip çıkan Mümin dede, sonradan evlendiği karısı ve torunuyla birlikte bu tenha göl kenarında, ormanın bakım işleri ile uğraşan ve partiden olan damadı Orozkul’a yardım etmektedir. Orozkul’un karısı, çocuğun teyzesi Bekey hala kısır olduğu için çocuk sahibi olamayan bir kadındır. Orozkul evlat sahibi olamamanın hıncını bu zavallı ihtiyar ve onun çocuğu olmayan kızından çıkarmaktadır.
Çok geniş bir hayal dünyasına sahip olan çocuk, dürbünüyle her gün gölde yük ve yolcu taşıyan bir gemiyi izler. Gemilerde tayfalık yapan babasının da bu gemide çalıştığını düşünerek, balık olup bu gemiye ulaşmayı, babasına zavallı dedesini, zalim Orozkul’u, yaşadıklarını hayallerini anlatmayı düşler. Dedesinin yanından hiç ayrılmayan çocuk, onun anlattığı masaları dinlerken adeta yaşıyormuşçasına onlardan etkilenir. Bu masallardan biri Boynuzlu Maral Ana destanıdır.
Eski zamanlarda Yenisey ırmağı boyunca kabileler arasında savaşlar olur, zaferler ve yenilgiler yaşanırmış. Fakat kabilelerin büyüklerinden biri öldüğü zaman büyüklerine yas tutan kabileye saldırılmazmış. Bir gün Kırgızların lideri öldüğünde ona geleneklerine göre büyük bir cenaze töreni düzenlemişler. Herkes cenazeye layıkıyla bir tören yapılması için uğraşırken onları silahsız yakalayan bir düşman kabilesi, bir kişiyi bile sağ kalmayacak şekilde, kılıçtan geçirmiş. Yalnız bu mezalimden, o baskından biraz önce oynamak için ormana giden bir kız bir de oğlan çocuğu kurtulmuş. Çocuklar onların düşmanları olduğunu bilmeden, o sırada uzaklaşan toz bulutunun ardına düşmüşler. Çok uzaklarda bir dağın yamacında bir şölen verildiğini görüp oraya gitmişler, bu şölen yeni topraklar kazanan düşmanlarının zaferlerini kutladıkları bir şölenmiş. Oraya gidince kabilenin lideri, bu iki çocuğun Kırgız aşiretinden olduklarını anlayıp, onları bir uçurumdan atması için bir kadına vermiş. Böyle bir şeye kadının da gönlü razı olmuyormuş ama o yapmazsa bir başkası çocukları feci bir şekilde öldürebilirmiş. Onları uzaklarda bir uçurum kenarında aşağıya atacakken, büyük boynuzlu bir maral belirmiş. Kadına yavrularının insanlar tarafından öldürüldüğünü, o yüzden o çocukları istediğini, onları yavruları gibi büyüteceğini söylemiş. Çocukları alıp güneylere Isık-Gölü kıyılarına gelmiş. O iki çocuk büyümüş, Kırgızlar onların soyundan yeniden türemiş. Ve bu insanlar Boynuzlu Maral Ana’nın çocuklarına hep saygı duymuş, onları avlamamışlar. Ta ki, yıllar sonra dosta düşmana ne kadar zengin olduklarını göstermek için, ölen babalarına yaptıkları görkemli bir cenaze töreninde, oğulları onun öte dünyada Boynuzlu Maral Ana’nın soyundan olduğunun anlaşılması için, mezarının başına büyük bir maral boynuzu dikmeyi düşünene kadar... Bundan sonra ölenlerine saygı ifadesi olarak, mezar başlarına maral boynuzu dikmeye başlamışlar. Boynuzlu Maral Ana bu insanlara küsmüş, kalan yavrularını alıp oraya veda ederken, bir daha geri dönmeyeceğini söylemiş.
Bir gün dede sevinçle çocuğa maralların geldiklerini, onları ormanda gördüğünü söyler. Çocuğun sevincinin tarifi yoktur. Ancak maralların geldiğini bilen yalnız dede ve torunu değildir. Bir gün Orozkul bu marallardan birini avlayıp misafirlerine ikram etmek ister. Tüfek, Orozkul’a muhtaç olan Mümin dedenin eline verilir ve maral ona vurdurulur. Çocuk bütün bunlar olup biterken evde hasta yatmaktadır. Dışarı çıktığında insanların sevinçle et paylaştıklarını görür. O gün ilk defa dedesinin içki içtiğine şahit olur. Etrafa bakınırken öldürülen maralın boynuzunu görünce, üzüntüsünden ne yapacağını bilemez. Birden içinde bir balık olup babasına gitme isteği doğar. Yakınlardaki çaya koşan çocuk, kendini azgın sulara bırakır.
Çay boyunca yüzüp gittin çocuğum. Şimdi ben sana yalnız şunu söyleyebilirim: “ Çocuk kalbinin, çocuk ruhunun bağdaşmadığı her şeyi reddettin. İşte beni teselli eden de budur. Bir şimşek gibi yaşadın sen. Bir defa çaktın ve söndün. Şimşeği çaktıran göktür. Ve gök ebedidir. İşte budur beni teselli eden. Bir başka tesellim daha var: insandaki çocuk vicdanı tohumdaki öz gibidir. Ve o öz olmadan tohum filizlenmez, gelişmez. Yeryüzünde bizi neler beklerde beklesin, insanoğlu doğdukça ve öldükçe, insanoğlu yaşadıkça, hak ve sorumluluk denen şey de var olacaktır... Sana senin sözlerini tekrarlayarak veda ediyorum: “Merhaba Beyaz Gemi, ben geldim!” Romanın sonunda şöyle bir tespit yapabiliriz: Roman, yazarın daha önceki eserlerinde pek rastlanmayan bir konuyu, insanların; inanma ihtiyacını merkez almaktadır. Bu merkez konu etrafında üç nesli temsil eden insanlar vardır. Bunlardan Mümin dede, yaşlı ve pasif, zayıf, güçsüz ve tepkisiz, çaresiz yaşlı neslin temsilcisidir. Yine aynı nesle mensup olan nine ise etrafına karşı hırçın davranışları, isimsiz küçük çocuğa kötü davranan birisidir. Ara neslin temsilcileri, Mümin dedenin damadı Orozkul, karısı Bekey ve orman işçilerinden Seydahmet ve eşi Gülcemal. Genç veya küçük nesli ise ismi bile konulmamış sekiz yaşlarında ve okula yeni başlayan küçük çocuk temsil eder. Yazar kahramanlarını bu şekilde tasnif ederken nesillerin hayatı algılayış biçimini ve hayat felsefelerini ortaya koymaya çalışmıştır.
Romanın sonunda küçük çocuğun; ölümü ile kötülüğün galip gelmediğini, tam aksine; iyiliğin, ölümsüzleştiğini belirtmiştir. İşte asıl bu nokta hâlâ tartışmalara açıktır...
